Homo sapiens Gene: NOD2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Summary | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
InnateDB Gene | IDBG-30654.6 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Last Modified | 2014-10-13 [Report errors or provide feedback] | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Gene Symbol | NOD2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Gene Name | nucleotide-binding oligomerization domain containing 2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Synonyms | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Homo sapiens | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Ensembl Gene | ENSG00000167207 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Encoded Proteins |
nucleotide-binding oligomerization domain containing 2
nucleotide-binding oligomerization domain containing 2
nucleotide-binding oligomerization domain containing 2
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Protein Structure | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Useful resources | Stemformatics EHFPI ImmGen | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
InnateDB Annotation | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Summary |
NOD2 and NOD1 represent central players in the control of the immune responses to bacterial infections and inflammation.
NOD2 is an intracellular receptor of muramyl dipeptide (MDP), a component of peptidoglycan present in the cell wall of Gram-positive (G+) and Gram-negative (G-) bacteria.
NOD2 and NOD1 can induce CCL5 (RANTES) through NF-kappaB pathway, orchestrating the global Nod-dependent immune defence during bacterial infections.
NOD2-dependent recognition of S. aureus and muramyl dipeptide is facilitated by alpha-toxin (alpha-hemolysin), a pore-forming toxin and virulence factor of the pathogen and is dependent on IL-1beta-amplified production of IL-6.
NOD2 and NOD1 direct autophagy by recruiting ATG16L1 to the plasma membrane at the site of bacterial entry.
NOD2 stimulation induces autophagy in dendritic cells influencing bacterial handling and antigen presentation.
NOD2 recruits the critical autophagy protein ATG16L1 to the plasma membrane during bacterial invasion.
NOD2 functions as a cytoplasmic viral pattern-recognition receptor (PRR) and activates an innate immune responses to viral ssRNA by triggering activation of interferon-regulatory factor 3 (IRF3) and production of interferon-beta (IFNB1).
NOD2 is both a positive and negative regulator of TLR4 - the effect it exerts is dependent on the presence of MDP. NOD2 upon engagement with its ligand, MDP, positively regulates TLR4-mediated signalling; in the absence of MDP, NOD2 negatively regulates the TLR4 pathway. (Demonstrated in murine model)
NOD2 is a peripheral peptidoglycan intracellular sensor and is important for the progression and pathogenesis of experimental autoimmune encephalomyelitis (animal model of multiple sclerosis).
NOD2 detects heat-killed Legionella pneumophila and stimulates NFkB and IFN-beta promoter activity. NOD2 deficiency results in increased proinflammatory cytokine expression at 4hrs and greater neutrophil recruitment to the lung. (Demonstrated in murine model)
DDX58 and NOD2 colocalize to cellular ruffles and cell-cell junctions to form a protein complex via the CARD domains. DDX58 negatively regulates ligand-induced NFkB signalling mediated by NOD2, and conversely, NOD2 negatively regulates type I interferon induction by DDX58.
NOD2 recognition of muramyl dipeptide, a component of bacterial cell walls, improves the barrier function of intestinal epithelial cells. (Demonstrated in mice)
NOD2 enhances the innate immune response of alveolar macrophages to Mycobacterium tuberculosis in human.
Following NOD2 activation, IRF4 interacts with MYD88, TRAF6, and RIPK2 and downregulates K63-linked polyubiquitinylation of RICK and TRAF6 leading to disruption of NFkB activation pathways.
NOD2 plays a role in intestinal innate immunity by regulating the expression of DEFA5 and DEFA6 through the NF-kB and MAPK pathways.
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InnateDB Annotation from Orthologs | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Summary |
[Mus musculus] Nod2-deficient mice have impaired resistance to Mycobacterium tuberculosis infection through defective innate and adaptive immunity.
[Mus musculus] Nod2 functions in non-hematopoietic cells of the small intestinal crypts and this is critical for protecting mice from a Th1-driven granulomatous inflammation in the ilum.
[Mus musculus] Nod2 and Nod1 account for neutrophil recruitment to the lungs of mice infected with Legionella pneumophila.
[Mus musculus] Nod2 and Nod1 activation results in substantial secretion of Ccl5 by murine macrophages and induces binding of NF-kappaB subunits to Ccl5 promoter.
[Mus musculus] Nod2 and Nod1 can detect Legionella pneumophila and these receptors modulate the in vivo pulmonary immune response differently.
[Mus musculus] Nod2 is both a positive and negative regulator of Tlr4 - the effect it exerts is dependent on the presence of MDP. Nod2 upon engagement with its ligand, MDP, positively regulates Tlr4-mediated signaling; in the absence of MDP, Nod2 negatively regulates the Tlr4 pathway.
[Mus musculus] Nod2 is a peripheral peptidoglycan intracellular sensor and is important for the progression and pathogenesis of experimental autoimmune encephalomyelitis (animal model of multiple sclerosis).
[Mus musculus] Nod2 detects heat-killed Legionella pneumophila and stimulates NFkB and IFN-beta promoter activity. Nod2 deficiency results in increased proinflammatory cytokine expression at 4hrs and greater neutrophil recruitment to the lung.
[Mus musculus] Ddx58 and Nod2 colocalize to cellular ruffles and cell-cell junctions to form a protein complex via the CARD domains. Ddx58 negatively regulates ligand-induced NFkB signalling mediated by Nod2, and conversely, Nod2 negatively regulates type I interferon induction by Ddx58. (Demonstrated in human)
[Mus musculus] Nod2 recognition of muramyl dipeptide, a component of bacterial cell walls, improves the barrier function of intestinal epithelial cells.
[Mus musculus] Nod2 enhances the innate immune response of alveolar macrophages to Mycobacterium tuberculosis in human. (Demonstrated in human)
[Mus musculus] Nod1 and Nod2 synergize with Tlr4 in dendritic cells to increase IL12 production and enhance invariant natural killer T (iNKT) cell activation, and are important regulators of the IFN gamma response by iNKT cells during S. typhimurium and L. monocytogenes infections.
[Mus musculus] Salmonella enterica serovar Typhimurium Î?msbB that possesses a modified lipid A triggers exacerbated colitis in the absence of Nod1 and/or Nod2, which is likely due to increased Tlr2 stimulation.
[Mus musculus] Nod2 regulates type-1 cytokine responses to Mycobacterium avium but is not required for the control of M. avium infection in vivo.
[Mus musculus] Leukotriene B4 acts on Nod2 pathway to enhance the immune response against influenza A infection.
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Entrez Gene | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Summary |
This gene is a member of the Nod1/Apaf-1 family and encodes a protein with two caspase recruitment (CARD) domains and six leucine-rich repeats (LRRs). The protein is primarily expressed in the peripheral blood leukocytes. It plays a role in the immune response to intracellular bacterial lipopolysaccharides (LPS) by recognizing the muramyl dipeptide (MDP) derived from them and activating the NFKB protein. Mutations in this gene have been associated with Crohn disease and Blau syndrome. [provided by RefSeq, Jul 2008] |
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Gene Information | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Type | Protein coding | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genomic Location | Chromosome 16:50693603-50733077 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Strand | Forward strand | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Band | q12.1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Transcripts | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Interactions | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Number of Interactions |
This gene and/or its encoded proteins are associated with 86 experimentally validated interaction(s) in this database.
They are also associated with 5 interaction(s) predicted by orthology.
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Gene Ontology | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Molecular Function |
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Biological Process |
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Cellular Component |
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Orthologs | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species
Mus musculus
Bos taurus
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Gene ID
Gene Order
Not yet available
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Pathways | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
NETPATH | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
REACTOME |
JNK (c-Jun kinases) phosphorylation and activation mediated by activated human TAK1 pathway
activated TAK1 mediates p38 MAPK activation pathway
TAK1 activates NFkB by phosphorylation and activation of IKKs complex pathway
MyD88-independent cascade pathway
Toll Like Receptor 3 (TLR3) Cascade pathway
MyD88:Mal cascade initiated on plasma membrane pathway
Toll Like Receptor TLR1:TLR2 Cascade pathway
Toll Like Receptor TLR6:TLR2 Cascade pathway
TRAF6 mediated induction of NFkB and MAP kinases upon TLR7/8 or 9 activation pathway
MyD88 dependent cascade initiated on endosome pathway
Toll Like Receptor 9 (TLR9) Cascade pathway
MyD88 cascade initiated on plasma membrane pathway
Toll Like Receptor 10 (TLR10) Cascade pathway
Toll Like Receptor 4 (TLR4) Cascade pathway
Toll Like Receptor 5 (TLR5) Cascade pathway
NOD1/2 Signaling Pathway pathway
Interleukin-1 signaling pathway
Toll Like Receptor 7/8 (TLR7/8) Cascade pathway
Cytokine Signaling in Immune system pathway
Innate Immune System pathway
Toll Like Receptor 2 (TLR2) Cascade pathway
Toll-Like Receptors Cascades pathway
MAP kinase activation in TLR cascade pathway
Nucleotide-binding domain, leucine rich repeat containing receptor (NLR) signaling pathways pathway
Immune System pathway
Signaling by Interleukins pathway
Activated TLR4 signalling pathway
TRIF-mediated TLR3/TLR4 signaling pathway
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KEGG |
NOD-like receptor signaling pathway pathway
Shigellosis pathway
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INOH | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
PID NCI |
Canonical NF-kappaB pathway
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Cross-References | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SwissProt | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
TrEMBL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
UniProt Splice Variant | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Entrez Gene | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
UniGene | Hs.135201 Hs.592072 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
RefSeq | NM_001293557 NM_022162 XM_005256084 XM_006721243 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
HUGO | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
OMIM | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CCDS | CCDS10746 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
HPRD | 05810 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
IMGT | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
EMBL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
GenPept | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
RNA Seq Atlas | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||